DUVI. Diario da Universidade de Vigo
Xoves, 01 de xuño do 2017

No seu desenvolvemento participaron grupos das universidades de Vigo, Campinas e Nova de Lisboa

O programa LA-iMageS facilita a xeración de bioimaxes de mostras

A ferramenta non require para o seu uso de coñecementos avanzados de informática


ImageQue persoal investigador de diferentes áreas, como químicos ou biólogos, sen coñecementos avanzados en informática, poida obter automaticamente e cunha ferramenta sinxela bioimaxes de alta calidade que permitan ver dun xeito rápido a distribución elemental dos elementos presentes en mostras biolóxicas (como tecidos) ou inorgánicas (como minerais), co obxectivo de poder identificar nelas a presenza de determinados compostos, como drogas, biomarcadores ou contaminantes. Con este obxectivo, investigadores da Escola Superior de Enxeñaría Informática do campus de Ourense, en colaboración con homólogos da Universidade Estadual de Campinas, en Brasil, e da Universidade Nova de Lisboa, veñen de desenvolver e de pór gratuitamente a disposición das persoas interesadas o programa informático LA-iMageS.

Rosa Tedín | Ourense
Que persoal investigador de diferentes áreas, como químicos ou biólogos, sen coñecementos avanzados en informática, poida obter automaticamente e cunha ferramenta sinxela bioimaxes de alta calidade que permitan ver dun xeito rápido a distribución elemental dos elementos presentes en mostras biolóxicas (como tecidos) ou inorgánicas (como minerais), co obxectivo de poder identificar nelas a presenza de determinados compostos, como drogas, biomarcadores ou contaminantes. Con este obxectivo, investigadores da Escola Superior de Enxeñaría Informática do campus de Ourense, en colaboración con homólogos brasileiros e lusos, veñen de desenvolver e de pór gratuitamente a disposición das persoas interesadas o programa informático LA-iMageS.

O proxecto no que naceu este software, chamado Ferramenta para a análise e xeración de bioimaxes mediante ablación láser con fonte de acoplamento indutivo, contou con financiamento da convocatoria da Vicerreitoría do Campus de Ourense Inou 2016, de axudas a grupos de investigación co patrocinio da Deputación Provincial de Ourense. A iniciativa, liderada desde o campus de Ourense polo grupo de investigación Sistemas Informáticos de Nova Xeración SING e polo seu membro Hugo López, contou coa colaboración do Grupo Gepam da Universidade Estadual de Campinas, en Brasil, encabezado por Marco Aurelio Zezzi, e do Grupo Bioscope, da Universidade Nova de Lisboa, con José Luis Capelo á fronte.

Automatizar e simplificar o proceso

Os avances nos campos da electrónica, a óptica, a química e o software, explica Hugo López, permiten na actualizade a captura de imaxes de todo tipo de mostras e obxectos. “Este feito propicia que, por exemplo, os cirurxiáns poidan distinguir claramente a fronteira entre tecidos cancerosos e sans empregando estas técnicas de imaging, de tal modo que poden seccionar, dun xeito case perfecto, un tecido con cancro”, sinala o investigador. Ademais, estas técnicas tamén se empregan para coñecer a distribución elemental de moléculas coma drogas ou biomarcadores en mostras biolóxicas, algo que se coñece como bioimaging. Segundo detalla o enxeñeiro informático, as bioimaxes empréganse “co fin de identificar trazas de metais en, por exemplo, tecidos cancerosos, posto que é coñecido que as células acumulan certos compoñentes, ou no cerebro, para estudar a función cerebral e enfermidades neuro-dexenerativas”.

Segundo detalla Hugo López, a adquisición de bioimaxes das distribucións elementais dos compoñentes de tecidos, órganos ou incluso seccións enteiras do corpo, é una práctica relativamente nova. Para a obtención de ditas imaxes, apunta, empréganse diferentes técnicas baseadas na espectrometría de masas, sendo a espectrometría de masas empregando ablación láser con fonte de plasma de acoplamento indutivo (LA-ICP-MS) a técnica predominante, debido á súa alta capacidade e sensibilidade para identificar metais e metaloides. “A pesar deste importante avance, a análise dos datos mediante computador segue a ser un proceso complicado que require coñecementos avanzados de informática, algo que os investigadores, xeralmente químicos e biólogos, non adoitan posuír”, advirte.

Neste escenario e dada a predominancia desta técnica na actualizade, o investigador do grupos SING sinala que xurdiu a idea de crear LA-iMageS. Esta ferramenta, puntualiza, distínguese doutras do mesmo ámbito por automatizar o proceso de preparación e carga dos datos obtidos do aparello de LA-ICP-MS; por ser completamente gratuíta e libre para calquera investigador que desexe empregala e por proporcionar aos usuarios unha interface gráfica amigable e intuitiva. “A maioría das ferramentas existentes requiren ser usadas por liña de comandos ou ben non proporcionan interfaces gráficas amigables, sendo preciso que os usuarios teñan coñecementos avanzados de informática. LA-iMageS elimina esta barreira, de xeito que pode chegar a un público máis amplo e tamén reduce a probabilidade de que un usuario menos experimentado cometa erros durante a análise”, comenta Hugo López.

A ferramenta creada estará orientada a dous tipos de usuarios, segundo sinalan os seus responsables. Por unha banda, a investigadores sen coñecementos avanzados de informática e por outra a desenvolvedores que queiran usala como base para a creación doutras aplicacións ou que queiran integrar nela novas operacións ou dar soporte a novos formatos de datos. Con licenza de código aberto, o software, apuntan, cubre todo o proceso de análise, dende a carga de datos ata a obtención e exportación dos resultados, e pode ser instalado e executado en Windows, Linux ou Mac OS X.

Tendo en conta a especialización do campus de Ourense como Campus da Auga, os promotores deste proxecto salientan a súa aplicabilidade no eido dos recursos hídricos. “Abre a porta para o uso deste tipo de técnicas en, por exemplo, contornas de control medioambiental nas que se podería incrementar a precisión e reducir o tempo de detección de axentes contaminantes en, por exemplo, ríos ou acumulacións de auga”, poñen como exemplo, lembrando a riqueza hídrica e termal da provincia de Ourense.
< Ant.   Seg. >

Duvi. Diario da Universidade de Vigo. | Contacta con nós